بلور زیرکن در سیستم چارگوشی متبلور می‌شود و ثبت کننده رویدادهای مختلف زمین‌شناسی در ساختار خارجی و بافت درونی خود است. رشد و تبلور زیرکن تابعی از دمای تبلور، ترکیب و محتوی آب ماگما است. گونه‌شناسی بلورهای زیرکن گرانیت قلعه‌دژ غالبا در گستره P5 رده ‌بندی پوپین (1990) قرار می‌گیرند که دال بر خاستگاه گوشته­ای بودن آن است. ریخت‌شناسی غالب دانه‌های زیرکن برتری منشورهای {100} بر {110} و هرم‌های {101} بر {211} را آشکار می‌سازد. این ریخت‌شناسی غالب، بالا بودن میزان قلیائیت، دمای تبلور 850 درجه سانتی‌گراد و ماهیت خشک یک ماگمای قلیایی را برای این گرانیت‌ها نشان می‌دهد. عدم وجود برهم رشدی هیدروزیرکن نشانگر ماگمای خشک است. همچنین دماسنجی اشباع از زیرکن نیز میانگین دمای در حدود 835 درجه سانتی‌گراد را نشان می‌دهد. تمامی نتایج بالا با شواهد ژئوشیمیایی و سنگ­شناختی قابل تایید است و با ماگمای گرانیتی نوع A با خاستگاه گوشته‌ایی و پوسته‌ایی همخوانی دارد.